Naturalna hodowla matek pszczelich to metoda pozyskiwania matek pszczelich w sposób zbliżony do tego, jaki zachodzi w przyrodzie, bez nadmiernej ingerencji człowieka w cykl rozwojowy pszczelej rodziny. Tego rodzaju hodowla bazuje na naturalnych instynktach pszczół i dąży do zachowania wysokiej jakości cech użytkowych, zdrowotnych oraz przystosowania do lokalnych warunków środowiskowych.
W naturalnej hodowli matek kluczowe jest to, że pszczoły same wybierają larwy do wychowu, a komórki matecznikowe budowane są w optymalnych warunkach wewnątrz gniazda, co sprzyja rozwojowi silnych i zdrowych matek.